1999年，人類確認到太陽系中存在著一顆正朝向地球接近的第10顆行星。
住在東京近郊某個小鎮的國中生少年‧雨森始，在放學回家時，因自家電子鐵工廠發生的爆炸事故而失去了雙親。他自己也被捲入爆炸之中，並在住院的醫院裡遇見了一名神祕女性。數日後，當他前往由伯父擔任所長的筑波山天文台時，在那裡見到了曾在醫院相遇的那名神祕女性。作為伯父的助手的她──名叫雪野彌生。
就在爆炸事故發生的前後，雨森始的身邊開始接連發生離奇事件，謎一般的神祕組織「1000年盜賊」也正悄然逼近。不久後，雨森始得知了那顆接近地球的神祕行星名叫「拉梅塔爾」，也發現了彌生的真實身分，正是由拉梅塔爾所派遣來引導地球的「1000年女王」。
而命運的時刻——「1999年9月9日零時9分9秒」，正一分一秒地逼近。
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