人類自古對天空著迷，因此逐漸創造許多高科技的飛行機械，最後人類創造了飛行城市與要塞。
後來飛行城市被毀，倖存的人們返回地面。最後只剩下一個稱為拉普達的飛行城市仍然留在空中，隱藏在激烈風暴的雲層中。大部分的人認為它是虛構的，而有些人則相信它是存在的，並且試圖尋找這座古代的城市。
有一天，在礦場工作的少年巴魯發現一位少女從天而降，於是巴魯將這位名叫希達的少女安置在家中。希達擁有一個藍色的結晶，據說可以保佑她的安全。但是軍隊與海盜都在覬覦這塊稱為飛行石的寶石，巴魯與希達於是開始逃亡。
後來軍方捉到了希達並且得到飛行石，巴魯雖然救回希達但是飛行石仍然落入穆斯卡的手中，因為飛行石仍夠指引前往拉普達的方向，於是穆斯卡大佐隨後率領軍隊準備前往拉普達而統治世界。
巴魯與希達為了搶回飛行石並阻止他們，於是搭上了海盜的飛船前往拉普達…
