二戰大戰時的日本神戶，被B29戰機連續轟炸，主角清太家也不能倖免，母親在逃難中因走避不及被炸傷至死。之後清太便和節子兩人投靠到鄰居家中，後來因物資短缺，在鄰居阿姨的強迫下將母親留下的和服拿去換食物，節子見狀嚎啕大哭，但清太只能捺著性子安慰節子與自己。寄人籬下的生活讓清太和節子覺得不快樂，因此，他們便到近郊湖畔的防空洞中展開新的生活。
一晚，清太收集許多螢火蟲和節子在洞內共享短暫溫暖時光……但隔天螢火蟲便全死掉了，節子為牠們立墓，此時清太才得知原來節子早就得知母親已死的事。物資短缺愈來愈嚴重，每當節子因肚子餓哭鬧時，清太便用水果糖安撫節子，可是他們卻不願投靠親戚，於是清太為了節子便幹起偷竊農地糧食的犯罪行為。由於防空洞的環境髒亂，節子便開始出現營養不良與濕疹等症狀，不但日漸消瘦還多次暈倒在地。
某天，清太到銀行取款時得知日本投降的消息，也驚覺父親早已陣亡。回到防空洞後，他發覺節子躺著以彈珠為食，於是他把買來的新鮮西瓜切開讓節子握在手上吃。沒想到清太去煮飯時，節子卻一覺不醒了。清太抱著節子，墮入與節子生活的回憶中。隔天，清太將節子火化，並將她的骨灰放進水果糖罐中。不久後，清太在三之宮門站的柱子旁過逝，其身旁還留有放著節子骨灰的水果糖罐。
