青年武士‧伊武谷萬二郎在進入劍豪‧千葉周作道場修習劍道三天後，千葉周作就死了。因而無法學習劍術。此時師兄清河八郎說要教他，而萬二郎認為這可能也是取得北辰二刀流免許皆傳的機會。
一場打鬥後，萬二郎負傷回家，此時，來幫他醫治的就是手塚良仙的兒子良庵。但之後兩人卻因爭奪美女阿石而一度反目相向。不過之後他們都為各自的前程而離開江戶。這是一部以幕末時代的曾祖父為藍本的真實故事。
手塚良仙致力於江戶種痘所的設立一事。
為了協助父親而離開適塾回到江戶。
赫厘士欲求見臥病中的家定將軍，因而造成幕府一團混亂。
此時，良庵想出了一個解決難題的妙計──
